\documentclass[../Thesis]{subfiles}
\begin{document}

\chapter{Some Very Informative Text}
\chaptermark{Title of The Chapter}

{
\hypersetup{linkcolor=black}
\minitoc
}

\section{Information}
\subsection{This is a test}

Let's just have the equation of Charged PSO to see how equation are numbered through Chapter (spoil, per chapter):
\begin{equation} 
    V_{i} = wV_{i} + c_{1} * U(0,1) * (P_{i} - X_{i}) + c_{2} * U(0,1) * (L_{i} - X_{i}) + a_{i} \label{eqn:velocityChargedUpdate} 
\end{equation} 
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Congue eu consequat ac felis donec et odio pellentesque. Sem fringilla ut morbi tincidunt augue interdum. Imperdiet massa tincidunt nunc pulvinar sapien et ligula. Urna condimentum mattis pellentesque id nibh tortor. Fringilla est ullamcorper eget nulla facilisi etiam dignissim. Vel turpis nunc eget lorem dolor sed viverra ipsum nunc. Volutpat est velit egestas dui id ornare arcu odio. Pretium nibh ipsum consequat nisl vel pretium lectus. Aenean et tortor at risus viverra adipiscing at. Vivamus arcu felis bibendum ut tristique et egestas quis. Sollicitudin aliquam ultrices sagittis orci. Vulputate sapien nec sagittis aliquam malesuada bibendum.


\end{document}